La manifattura Flötotto viene fondata nel 1906 da Heinrich Flötotto, che apre quell'anno il suo atelier di lavorazione del legno nella regione tedesca della Renania Settentrionale-Vestfalia. Nel giro di poche decadi, il commercio si amplia, ed include ormai la produzione di arredamento in serie. Dopo la seconda guerra mondiale, i figli di Heinrich, Fritz e Franz, assumono il comando dell'azienda di famiglia, e cominciano ad espandersi all'estero - la reputazione internazionale della manifattura si rafforza ben presto, e Flötotto diventa sinonimo di mobilio moderno, resistente e funzionale. I loro banchi, sedie e scrivanie, e soluzioni storage per scuole ed uffici in compensato (o pagholz) arredano praticamente tutte le scuole tedesche, durante gli anni del dopoguerra.
Dal 1969 al 1991, Flötotto è diretta dalla terza generazione - più precisamente da tre coppie: Elmar ed Anna Flötotto, Reinhard e Barbara Flötotto, e Hubertus ed Ingrid Flötotto. Nel 1969 lanciano la collezione Optimal dall'altezza regolabile, e nel 1975 introducono la rivoluzionaria linea modulare in faggio Profilsystem, vincitrice di molti premi.
Più di recente, nel 2012, Flötotto ha fatto scalpore quando ha commissionato al designer Konstantin Grcic la creazione di una nuova linea di arredamento da scuola - che risultò nella premiata ed ammirata collezione PRO. La caratteristica più notevole di PRO è la sua struttura ad S che crea una seduta dinamica e confortevole allo stesso tempo, basata sul principio di “active sitting.”
La famiglia è tornata ad essere la proprietaria dell'azienda nel 2002, dopo averla venduta pochi anni prima, nel 1998. Dal 2008 Flötotto è sotto la guida di Elmar Flötotto.
